我國政府采購改革初期，基本上實行的是“管、采”合一的運行模式，隨著改革的不斷深入，提出了“管、采”分離的要求。經過近幾年的努力，雖然在運行體制建設方面取得了一些進步，但仍存在諸多的問題，嚴重地影響著政府采購制度改革的深化。
1、宏觀協調指導乏力：政府采購法把政府采購的監督管理職責賦予各級人民政府財政部門，財政部門與其他政府機關行政層級平行，缺乏行政管理的權威性，難以有效地統籌平行機關對政府采購制度改革的協調工作。如在監管機構與執行機構的分設問題上，自提出分離要求至今九年的時間已經過去了，從省級集中采購機構的情況來看，實現真正意義上分離的省份寥寥無幾，財政部門也無能為力。宏觀協調指導不力是當前影響政府采購制度改革深入開展的主要障礙。
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