實行大部制管理，可以大大減少政府部門之間職能的交叉重疊，改“九龍治水”為“一龍管水”，這對提高行政效率，降低行政成本具有重要意義。
目前國務院的組成部門有28個，而日本是12個，美國是15個，英國是17個。與成熟的市場經濟國家相比，我國政府部門設置依然較多，削弱了政府的決策職能，也不利于集中統一管理。
盡管大部制這一管理模式在國外有比較成功的經驗，但是我們也不可能照搬照套，需要根據我國國情探索推進。推進大部制改革面臨三大挑戰：
一是對權力的約束與監督問題。實行大部制管理后，一個部門的權力更大了，能不能建立起有效的權力約束機制，按照“決策、執行、監督”的改革思路，重構政府權力結構和政府的運行機制至關重要。
二是黨政權力對接問題。大部制改革最終會涉及黨政部門權力的對接，必須靠政治體制改革配合推進。近些年來，中紀委與監察部合署辦公，成效顯著。如何進一步整合黨政部門，是下一步“大部制”改革中必須思考的問題。
三是改革的策略和方法選擇。應該看到，大部制改革的最大阻力，仍然是多年來被強化了的部門利益。在具體推進的過程中，改革的策略和方法就顯得很重要。
中國的大部制改革很難一步到位，而應該是一個循序漸進的過程。首先應該選擇那些職能交叉突出、涉及公眾、服務對象廣泛、外部改革呼聲比較大的部門開始，然后逐步擴大，而且一定要把結構調整和功能的定位進行有機結合。在設計機構改革方案時，要借助專家力量，加上民眾的討論，經過充分論證，堅持科學性，立足長遠，用智慧和制度規范大部制改革。
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